In your resulting oMath, set w:rPr/w:color, for example:
Using xml Syntax Highlighting
<m:oMathPara>
<m:oMath>
<m:r>
<w:rPr>
<w:rFonts w:ascii="Cambria Math" w:hAnsi="Cambria Math"/>
<w:color w:val="FF0000"/>
</w:rPr>
<m:t>A=π
</m:t>
</m:r>
<m:sSup>
<m:sSupPr>
<m:ctrlPr>
<w:rPr>
<w:rFonts w:ascii="Cambria Math" w:hAnsi="Cambria Math"/>
<w:color w:val="FF0000"/>
</w:rPr>
</m:ctrlPr>
</m:sSupPr>
<m:e>
<m:r>
<w:rPr>
<w:rFonts w:ascii="Cambria Math" w:hAnsi="Cambria Math"/>
<w:color w:val="FF0000"/>
</w:rPr>
<m:t>r
</m:t>
</m:r>
</m:e>
<m:sup>
<m:r>
<w:rPr>
<w:rFonts w:ascii="Cambria Math" w:hAnsi="Cambria Math"/>
<w:color w:val="FF0000"/>
</w:rPr>
<m:t>2
</m:t>
</m:r>
</m:sup>
</m:sSup>
</m:oMath>
</m:oMathPara>
Parsed in 0.003 seconds, using
GeSHi 1.0.8.4
See
https://github.com/plutext/docx4j/blob/ ... anish.java for clues about how to do that.